Apocalipse se passa uma década depois de Dias de um Futuro Esquecido e é uma próxima etapa na história. Desde o início da civilização, ele era adorado como um deus. Apocalipse, o primeiro e mais poderoso mutante do universo X-Men da Marvel, acumulou os poderes de muitos outros mutantes, tornando-se imortal e invencível. Ao acordar depois de milhares de anos, ele está desiludido com o mundo em que se encontra e recruta uma equipe de mutantes poderosos, incluindo um Magneto desanimado, para purificar a humanidade e criar uma nova ordem mundial, sobre a qual ele reinará. Como o destino da Terra está na balança, Raven, com a ajuda do Professor Xavier deve levar uma equipe de jovens X-Men para parar o seu maior inimigo e salvar a humanidade da destruição completa.