Em outubro de 1962 um avião U-2, que fazia vigilância de rotina, tira fotos fotográficas que revelam que a União Soviética está em processo de colocar uma plataforma de lançamento de armas nucleares em Cuba. Estas armas terão a capacidade de destruir em minutos a maior parte do leste e sul dos Estados Unidos quando ficarem operacionais. O presidente John F. Kennedy (Bruce Greenwood) e seus assessores têm de pôr um plano de ação contra os soviéticos. Kennedy está determinado em mostrar que ele é forte o bastante para resistir a ameaça e o Pentágono aconselha o exército dos Estados Unidos a contra-golpear, o que poderia levar a uma outra invasão norte-americana em Cuba. Entretanto, Kennedy está receoso em levar a cabo esta operação, pois uma invasão norte-americana poderia fazer com que os soviéticos partissem para a retaliação na Europa. Por treze dias o destino da humanidade esteve nas mãos de um grupo reunido no salão oval na Casa Branca, pois a possibilidade de uma guerra nuclear era real e navios soviéticos rumavam para Cuba levando o material que faltava para terminar a plataforma de lançamento, que estava sendo construída em ritmo acelerado. Com a situação cada vez mais tensa, qualquer ato impensado poderia provocar um conflito armado de conseqüências atras.