Apesar de aclamado pela crítica mundial e pelo público, O Agente Secreto está levantando debates entre seus espectadores por conta de um ponto específico: o final do filme.

Considerado por alguns anticlimático, o longa termina em uma freada brusca, trazendo a narrativa para os dias atuais e mostrando o filho do protagonista Marcelo (ambos interpretados por Wagner Moura) recebendo as fitas de depoimentos de seu pai gravadas nos anos 1970.