Cientistas trabalham para criar o mais forte e poderoso pokémon de todo o planeta. Seus esforços têm resultado quando Mewtwo, um pokémon de poderes psíquicos, ganha vida. Só que a criatura se rebela, destrói o laboratório em que foi criado e resolve por convocar uma batalha contra os maiores treinadores de pokémons para poder conquistar o planeta.