300 anos no futuro e a Terra foi devastada pelos próprios seres humanos. O equilíbrio do mundo é abalado quando um garoto chamado Agito (Ryô Katsuji) tropeça em uma máquina que fica dentro de um santuário proibido. A máquina liberta Toola (Aoi Miyazaki), que tem uma missão que lhe foi confiada no passado.