Uma releitura da saga de Neon Genesis Evangelion, onde anjos destrutivos e robôs imbuídos espiritualmente (EVA). Porém, agora a organização paramilitar NERV perde a sua utilidade. Sem defesa, eles são atacados pela SEELE,  que usa suas unidades de produção em massa de Evangelion, em uma tentativa de concluir o Projeto de Instrumentalidade Humana e iniciar o Terceiro Impacto. Para tentar defender o mundo, Asuka é colocado em seu EVA para segurança, enquanto Misato luta para encontrar Shinji e Rei antes de serem assassinados pelas forças da SEELE e conseguirem derrubá-la.