O jovem Napoleon Dynamite (Jon Heder) leva uma vida pacata e solitária. Vivendo em uma pequena cidade, sem nenhum amigo no colégio, o rapaz passa boa parte do seu tempo sozinho ou desenhando um animal híbrido que ele inventou. Ele vive com o tio e com irmão, que também se acostumaram a ignorá-lo. Porém, sua sorte muda quando Napoleon conhece Pedro (Efren Ramirez), que o desperta para a vida.