Jotuomba é uma cidade fictícia, ambientada no Vale do Paraíba, onde grandes fazendas de café faliram e cidades, antes ricas, se tornaram quase fantasmas. Lá vive Madalena, uma padeira presa à memória de seu marido morto e enterrado no único cemitério da cidade, hoje trancado. Quando uma jovem fotógrafa chega ao vilarejo à procura de trens abandonados, aos poucos ela modifica o cotidiano de Madalena e da vila. Julia Murat conta que a experiência de Histórias que só existem quando lembradas nasceu nas filmagens de Brava gente brasileira (2000), dirigido por sua mãe, Lucia Murat, quando conheceu um cemitério fechado no interior do Mato Grosso do Sul. "Acho que não era o inusitado que me interessava, mas a poesia de um cemitério sem função. Nunca me interessei pelos fatos: quem tinha fechado, quando, por quê? Mas pelo absurdo da situação. Pela possibilidade de explorar a magia e associar a ideia do cemitério fechado à impossibilidade da morte, ou explorar os sentimentos de uma pessoa próxima da morte."