O mundo, em 2029, se tornou um local altamente informatizado, a ponto dos seres humanos poderem acessar extensas redes de informações com seu ciber-cérebros. A agente cibernética Major Motoko é a líder da unidade de serviço secreto Esquadrão Shell, responsável por combater o crime. Motoko foi tão modificada que quase todo seu corpo já é robótico. De humano só teria sobrado um fantasma de si mesma.