2029. O mundo se tornou um local altamente informatizado, a ponto dos seres humanos poderem acessar extensas redes de informações com seu ciber-cérebros. A agente cibernética Major Motoko é a líder da unidade de serviço secreto Esquadrão Shell, que combate o crime. Motoko foi tão modificada que quase todo seu corpo já é robótico. De humano só teria sobrado um "fantasma de si mesma". O governo informa o grupo de que o famoso hacker conhecido "Mestre das marionetes", especialista em invadir e controlar o ciber-cérebro das pessoas, está no Japão. Agora, Motoko e sua equipe terão que caçar este criminoso, e vão acabar se envolvendo em uma trama de conspirações, que atinge interesses da alta cópula da política.