Doutor (Paul McGann) é um alienígena viajante do tempo que está transportando os restos mortais do seu inimigo, o Mestre (Eric Roberts). Porém, o Mestre sabota a máquina do Doutor, fazendo que eles  fiquem presos em São Francisco na data de 30 de dezembro de 1999. Ferido, o doutor acaba no hospital e começa sua regeneração enquanto o mestre assume o corpo de um paramédico. Para sobreviver e se regenar novamente, o Mestre precisa do corpo de um viajante do tempo e Doutor precisa lembrar quem ele é para impedir que a Terra seja sugada por um buraco negro que acontecerá se ele não consertar a máquina do tempo até a virada do ano.