Milo (James Arnald Taylor), Kida (Cree Summer) e sua equipe estão mais uma vez juntos, desta vez para enfrentar gigantesco monstros marinhos e poderosos espíritos lendários. Ao longo da expedição Kida descobre que um cristal de sua cidade possui um grande poder, fazendo com que fique em dúvida se deve devolvê-lo a Atlantis ou dividi-lo com o restante da humanidade.